region

定义区域。语法为

region ID style args keyword arg

ID是名字，style是区域形状，后面跟上style对应的参数args，最后的keyword和arg非必需。例如

region simulation_box block -20 20 -20 20 -20 20

定义一个叫 simulation_box 的block（长方体）区域，block的六个参数是 xlo xhi ylo yhi zlo zhi，不难理解，xlo 就是 x坐标最小值（x-low），zhi 就是 z坐标最大值（z-high）。这里省略了keyword和其arg。

region region_cylinder_in cylinder z 0 0 10 INF INF side in

定义一个叫 region_cylinder_in 的cylinder（圆柱）区域，圆柱的六个参数是 dim c1 c2 radius lo hi ，结合上面的语句，我们定义的圆柱轴线在 z 方向，xy平面的位置在(0,0)，底面半径为10，高度从 INF 到 INF。这里还指定了关键字为 side，参数为 in，表示这个区域位于圆柱内部；若为 out，则位于圆柱外部。

create_box

创建盒子。语法为

create_box N region-ID keyword value

上命令在指定区域 region-ID 里面创建一个盒子，盒子里面有N类atom。keyword 和 value 非必需。

create_box 2 simulation_box

在 simulation_box 里面创建两类 atom。

create_atoms

创建atom。语法为

create_atoms type style args keyword values

上命令按 style 样式创建类型为 type 的atom，args 是 style 的参数。keyword value 非必需。

create_atoms 1 random 1500 341341 simulation_box

这里 type 是 1 （编号），样式是 random ，也就是随机创建。random 的参数包括 N seed region-ID，也就是说，上面命令随机创建了 1500 个 type 为 1的原子，随机数种子为 341341，所在区域为 simulation_box。

delete_atoms

删除atom。语法为

delete_atoms style args keyword value ...

上命令删除样式为 style 的atom，args 是 style 的参数。keyword value 非必需。

delete_atoms group group_type_1

例如删除group_type_1组的所有atom。

group

将某类样式相同的atom定义为 group。语法为

group ID style args

上述命令按照样式 style 定义一个叫 ID 的 group，style 的参数是args。例如把 type 为 1 的分为一个组，此时样式为 type：

group group_type_1 type 1

把 region 为 region_cylinder_in 的分为一个组，此时样式为 region：

group group_region_in region region_cylinder_in

把同在 region1 和 region2 的一个组，即求两个region的交集，此时样式为 intersect：

group group_region12 intersect region1 region2