计算机材料设计Materials-Studio教程5
1.5 研究分子晶体:尿素
们控制它们的属性,如溶们控制它们的属性,如溶解度、保质期、形态学、生物利用率、颜色、震动敏感解度、保质期、形态学、生物利用率、颜色、震动敏感性、蒸汽压和密度等。在本教程中使用的尿素,是分子晶体材料中的一个简单例子。
1.打开一个分子晶体文档
从菜单栏中选择File|Import...。
在输入文档对话框中定位并选择Examples/Documents/3D Model/urea.msi,然后点击Import。
一个包含尿素晶体相晶胞3D视图的窗口显示出来,在项目管理器中显示出一个叫做urea.xsd的文档。注意文件扩展名从.msi变成了.xsd。
2.计算氢键
从菜单栏选择Build|Hydrogen Bonds。
这将打开氢键计算对话框,注意可以使用许多不同的方案和键的几何参数来计算氢键,或者创建并保存你自己的方案。
对本例选择默认值并且点击Calculate。
在晶胞中氢键以蓝色虚线显示出来。
注意:氢键计算也可以通过点击Atoms & Bonds菜单栏上的Calculate HydrogenBonds按钮来执行。
关闭氢键计算对话框。
3.调整晶胞的显示范围
右击3D视图,在快捷菜单中选择Display Style。
显示风格对话框被打开。
在显示风格对话框上选择Lattice选项卡以改变晶格显示风格的选项。在Display style部分改变A行的最大值为2.0,对行B和行C进行相同的处理。
Display style控制给出了显示用户定义晶胞范围和数目的选项,包括输入晶胞长度的能力。现在有了一个包括2 × 2 × 2个晶胞的尿素的点阵格子,更加清晰地显示出了氢键的键合形式。
4.改变格子的显示风格
在Lattice部分,选择None,然后关闭显示风格对话框。
5.显示结构的氢键
旋转视图研究氢键网络,为了有助于清晰地观察氢键,在3D Viewer视图工具栏上单击Reset View 按钮。使用上、下、左、右箭头可以使模型以45°的增量旋转。关闭urea.xsd文档,出现提示时点击Yes按钮。
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