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Adsorption Locator-定位分子吸附位置(一)

天玑智研567
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Materials Studio软件中Adsorption Locator 模块主要是模拟一种吸附物或是具有特定组成吸附物的混合物在基质材料上的吸附过程, 寻找到能量最低的吸附位置,或者是研究吸附物混合物中的选择性吸附成分。

我们将以Ni(111)上SO2的吸附情况为例演示如何使用Materials Studio中Adsorption Locator 模块。


操作步骤

(1) 构建SO2结构并优化;

首先我们构建一个SO2结构,并且命名保存为SO2.xsd。单击clean按钮图片,进行初始结构调整。

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选择SO2.xsd文件,点击Forcite/Calculation。将Setup中的Task任务改为Geometry Optimization,Quality选择Fine。点击Energy,将力场Forcefield选择为COMPASSIII。其他参数为默认值,点击Run,开始计算。

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(2) 构建Ni(111)结构;

Ni的结构可以直接从MS晶体库中导入。点击Import/Structures/metals/pure metals,导入Ni的模型。

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然后对Ni的模型进行切面,选择Build | Surfaces | Cleave Surface。在Cleave Surface对话框中,将Cleave plane (h k l)更改为1 1 1,将Fractional Thickness增加到6.0。单击Cleave按钮完成切面。

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构造超胞,Build | Symmetry | Supercell,打开Supercell对话框。将U和V的值设置为2,然后单击Create Supercell按钮,关闭对话框。

构建真空层,真空层要足够大才能确保吸附质只与表面相互作用,而不会与表面底层原子的周期图像相互作用。这里我们将真空层设置为15 Å就足够了。Build | Symmetry | Supercell,将Vacuum thickness增加到15 Å,点击Build,关闭对话框。这样就构建好了Ni(111)的结构。

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下一期我们将继续和大家分享具体如何使用Adsorption Locater 模块。

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