Materials Studio计算差分电荷密度
通过差分电荷密度图可以很直观地看出体系中各原子的成键情况、电荷聚集(accumulation)/损失(depletion)的具体空间分布、成键的极性强弱。从而有助于理解吸附过程。
Materials Studio中CASTEP模块可以通过设置片段,自动计算差分电荷密度;DMol3模块需要计算吸附前催化剂、吸附后催化剂和吸附物种的电荷密度,再手动处理,得到二次差分电荷密度。

我们将和大家分享如何使用Materials Studio中CASTEP模块计算CO分子吸附在Pd(110)表面的电荷差分密度。
计算步骤
(1) 首先需要对已结构优化好的体系定义分子片段;
在优化后的结构中,选中C和O原子。在Edit / Edit sets对话框里,点击New。在Define New Set对话框里,必须严格输入“CO DensityDifference”,按下OK。(不必定义Pd表面,因为CASTEP会自动假设剩下的原子在计算电荷密度差时是排除在考虑之外的)

(2) 计算差分电荷密度;
选择工具条中的CASTEP/Calculation 。由于已经对体系运行过几何优化,所以现在只需要对体系执行单点能计算以得到电荷密度的变化。把Task的内容改为Energy。选择Properties /Electron density difference。勾选上Both atomic densities and sets of atoms。单击Run按钮,开始计算。
(3) 显示差分电荷密度。
打开文件夹内的.xsd文件。选择CASTEP/Analysis。选择Electron density difference。勾选上View isosurface on import,取消选择Use atomic densities。按下Import 按钮。
若要改变等密度面的大小,通过Display Style中Isosurface标签进行修改。把Isovalue的值设为0.05 并选上+/-。这时同时显示了两个等密度面,蓝色区域显示了电子密度是增加的,相反,黄色区域是减少的。

通过显示电子密度的二维切片可以进一步地看到成键的变化。选择菜单栏里的View | Toolbars | Volume Visualization,使其在工具栏中显示。选择Create Slices 工具的下拉箭头,选择与B & C Axis 平行的切片。点击并选中二维切片。按下Shift和Alt键,右击鼠标键,便可移动二维切片。
调整切片的数据范围,改变显色机制,更容易区分缺电子区域和富电子区域。点击并选中切片。选择Volume Visualization工具条中的Color Maps工具。把Spectrum的值改为Blue-White-Red。把From的值设为-0.2,To的值设为0.2,Bands的值设为16。

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