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Materials Studio计算差分电荷密度

天玑智研608
第一性原理密度泛函理论CASTEPDMol3Materials Studio差分电荷密度电子密度分析结构优化单点能计算表面吸附电子结构成键分析电荷转移Pd(110)表面CO分子CO吸附催化剂吸附过程

通过差分电荷密度图可以很直观地看出体系中各原子的成键情况、电荷聚集(accumulation)/损失(depletion)的具体空间分布、成键的极性强弱。从而有助于理解吸附过程。


Materials Studio中CASTEP‍模块可以通过设置片段,自动计算差分电荷密度;DMol3模块需要计算吸附前催化剂、吸附后催化剂和吸附物种的电荷密度,再手动处理,得到二次差分电荷密度。

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我们将和大家分享如何使用Materials Studio中CASTEP模块计算CO分子吸附在Pd(110)表面的电荷差分密度。


计算步骤

(1) 首先需要对已结构优化好的体系定义分子片段;

在优化后的结构中,选中C和O原子。在Edit / Edit sets对话框里,点击New。在Define New Set对话框里,必须严格输入“CO DensityDifference”,按下OK。(不必定义Pd表面,因为CASTEP会自动假设剩下的原子在计算电荷密度差时是排除在考虑之外的)

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(2) 计算差分电荷密度;

选择工具条中的CASTEP/Calculation 。由于已经对体系运行过几何优化,所以现在只需要对体系执行单点能计算以得到电荷密度的变化。把Task的内容改为Energy。选择Properties /Electron density difference。勾选上Both atomic densities and sets of atoms。单击Run按钮,开始计算。


(3) 显示差分电荷密度。

打开文件夹内的.xsd文件。选择CASTEP/Analysis。选择Electron density difference。勾选上View isosurface on import,取消选择Use atomic densities。按下Import 按钮。


若要改变等密度面的大小,通过Display Style中Isosurface标签进行修改。把Isovalue的值设为0.05 并选上+/-。这时同时显示了两个等密度面,蓝色区域显示了电子密度是增加的,相反,黄色区域是减少的。

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通过显示电子密度的二维切片可以进一步地看到成键的变化。选择菜单栏里的View | Toolbars | Volume Visualization,使其在工具栏中显示。选择Create Slices 工具的下拉箭头,选择与B & C Axis 平行的切片。点击并选中二维切片。按下Shift和Alt键,右击鼠标键,便可移动二维切片。

调整切片的数据范围,改变显色机制,更容易区分缺电子区域和富电子区域。点击并选中切片。选择Volume Visualization工具条中的Color Maps工具。把Spectrum的值改为Blue-White-Red。把From的值设为-0.2,To的值设为0.2,Bands的值设为16。

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