如何用剑桥数据库获取金属团簇
文献中常见的金属团簇结构,通常通过程式产生,但是很多做计算的同学并不懂程式的书写,因此可以直接使用的团簇结构非常重要。
剑桥数据库可以直接获取团簇的坐标,从而生成所需的结构文件。链接如下:
http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html
以常见的M13团簇为例,首先找到金属团簇类目下的Al团簇,点击进入

点击下方Global minima查看图片

就可以得到各种团簇的构型图

点击Table of Global minima获取团簇原子坐标
选取我们想要的M13团簇

显示所有原子坐标

把原子坐标全选,复制到excel表格中,选择性粘贴为文本格式。在A1单元格写入原子个数,A3-A15写入元素。

完成后点击文件-另存为-文本文件(制表符分隔)(*.txt)文件

将刚保存的txt文件充命名为计算软件可打开的xyz文件

此例我们用materials studio软件打开,就可以得到文献中经常出现的M13团簇了

因为我们套用的是Al元素的模板,此时我们可以点击clean按钮,让结构更加合理一些,即可得到所需的Fe13团簇结构。

特别声明:本文由“天玑算”用户上传、授权发布,以上内容(含文字、图片、视频)不代表本网站观点或立场;如其他媒体、网站或个人从本网站转载使用,须保留本网站注明的“来源”,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,可以在文未添加注释。
评论
我爱学习爱我

干货推荐

模态分析到底在算啥?搞懂这个,结构为什么会自己振动就明白了
莫名其妙
63 4

神经元、星形胶质细胞、少突胶质细胞、小胶质细胞组织学区分
Mr弘🔬
90 7

二氧化碳捕集及资源化利用:从"废气"到"碳资源"的产业革命
春风得意马蹄疾
76 2

免疫荧光染色全流程
7330a6d4
33 1

分子轨道理论简介与计算示例
天玑智研
769 6

有髓神经纤维超微结构
Mr弘🔬
56 5
