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如何用剑桥数据库获取金属团簇

天玑智研567
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文献中常见的金属团簇结构,通常通过程式产生,但是很多做计算的同学并不懂程式的书写,因此可以直接使用的团簇结构非常重要。


剑桥数据库可以直接获取团簇的坐标,从而生成所需的结构文件。链接如下:

http://www-wales.ch.cam.ac.uk/CCD.html

以常见的M13团簇为例,首先找到金属团簇类目下的Al团簇,点击进入

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点击下方Global minima查看图片

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就可以得到各种团簇的构型图

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点击Table of Global minima获取团簇原子坐标


选取我们想要的M13团簇

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显示所有原子坐标

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把原子坐标全选,复制到excel表格中,选择性粘贴为文本格式。在A1单元格写入原子个数,A3-A15写入元素。

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完成后点击文件-另存为-文本文件(制表符分隔)(*.txt)文件

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将刚保存的txt文件充命名为计算软件可打开的xyz文件

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此例我们用materials studio软件打开,就可以得到文献中经常出现的M13团簇了

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因为我们套用的是Al元素的模板,此时我们可以点击clean按钮,让结构更加合理一些,即可得到所需的Fe13团簇结构。

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