在VMD中作图

打开VMD，然后把furan.pdb和vtx.pdb按顺序依次拖动到VMD Main窗口下，ID分别是0、1。把Display-Depth Cueing将它关掉，否则图像不够清晰。

选择Graphics-Colors，在Color Definitions界面选择Display-Background-White将背景改为白色。

在Color-Scale里Method中选择BWR，使分子表面的色彩由小到大以蓝-白-红的方式变化。

选择Display-Axes-Off把坐标轴删掉。

选择Graphics-Representations，执行以下2步分别设定分子结构以及分子表面顶点的显示方式。

(1)在Selected Molecule一栏里选择0文件，Drawing Method选CPK。

(2)在Selected Molecule一栏里选择1，Drawing Method选Points，Size设为25，Coloring Method选Beta。在Trajectory栏里将Color Scale Data Range设置为-50和50并点击Set，代表色彩刻度设为-50~50kcal/mol。

选择Extensions-Visualization-Color Scale Bar选项打开设置页面，将各内容设置如下图所示，加色彩刻度轴。

双击VMD Main窗口中Color Scale Bar当中的F标签使之变为红色（可活动），双击其它项目的F标签使它们的F变为黑色（冻结）。

点击VMD的OpenGL图形窗口，按t键进入平移模式，拖动鼠标将色彩刻度轴放置到合适位置，并且用鼠标滚轮调整它的大小。调合适之后再按r键恢复旋转视角模式。同理，把其他两项调整到合适的大小和角度。

当前的显示效果如下：

在Photoshop中添加分子结构图

双击VMD main窗口里所有条目的F标签来把它们固定住。

在VMD main窗口里面双击0的D标签使其变红，此时窗口内就只有分子表面和色彩刻度轴显示了出来。

按Alt+Printscreen键截屏，在photoshop里按Ctrl+N点击创建，然后Ctrl+V把截的图粘贴。此时图像大小正好和VMD窗口大小完全一致。

在VMD main窗口双击1和4的D标签使其变红，从而只让分子结构显示出来，将背景改为绿色。

然后将窗口截屏并且粘贴进之前的ps窗口。

选择魔棒工具，容差设0，连续的对勾取消，然后点击图中绿色区域把背景区域选上，之后按delete键去除背景。

将图层2的不透明度改为40%，这样分子结构就会显示为半透明。

裁剪掉多余的部分，ps窗口里的图像目前如下所示。蓝色的区域静电势为负值，红色的区域静电势为正值，白色的区域静电势约为0。