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lammps中文教程4

春风得意马蹄疾33
LAMMPS模拟分子动力学分子模拟模拟盒子原子建模区域定义正交盒子非正交盒子键角参数水分子模型分子拓扑计算材料学

1.4 create_box 命令详解

mmps模拟时所有的原⼦都必须位于⼀个有限的区域内,这个有限的区域也就是所谓的模拟盒⼦:box。

因此,在创建原⼦之前,要先创建box,⽤到的命令为create_box。

create_box的语法为:

create_box N region-ID keyword value

其中,N为盒⼦内包含的原⼦类型数,region-ID为区域名称。

1. 创建正交box

创建⼀个模拟盒⼦之前必须先创建⼀个区域,在此区域的基础上创建盒⼦。

例如创建⼀个⼤⼩为101010的⽴⽅区域,名称为mybox。以mybox尺⼨创建box,box内含有1种原⼦。

region mybox block 0 10 0 10 0 10 units box

create_box 1 mybox

如果region为球形,lammps⾸先计算出⼀个外切于此球的⽴⽅区域,应以此创建box,⽽不是创建⼀个球形的box。

例如:

region box sphere 0.0 0.0 0.0 5  units box

create_box 1 box

2. 创建⾮正交box

如果region区域为⾮正交区域,则以此区域可以创建⾮正交box。

region box prism 0 10 0 10 0 10 2 0 0

create_box 1 box

3. 创建复杂box

如果box内原⼦之间有键或⻆等信息,需要在创建box时指定键⻆等数量,具体格式为:

bond/types value = # of bond types

angle/types value = # of angle types

dihedral/types value = # of dihedral types

improper/types value = # of improper types

extra/bond/per/atom value = # of bonds per atom

extra/angle/per/atom value = # of angles per atom

extra/dihedral/per/atom value = # of dihedrals per atom

extra/improper/per/atom value = # of impropers per atom

extra/special/per/atom value = # of special neighbors per atom


例如H2O分⼦的box:

region box block 0 10 0 10 0 10 units box

create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &  

extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1

create_box命令应该是相对简单的⼀个命令,但要记住每个模型只有⼀个box,create_box⽤⼀次就⾜够了。

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