lammps中文教程4
1.4 create_box 命令详解
mmps模拟时所有的原⼦都必须位于⼀个有限的区域内,这个有限的区域也就是所谓的模拟盒⼦:box。
因此,在创建原⼦之前,要先创建box,⽤到的命令为create_box。
create_box的语法为:
create_box N region-ID keyword value
其中,N为盒⼦内包含的原⼦类型数,region-ID为区域名称。
1. 创建正交box
创建⼀个模拟盒⼦之前必须先创建⼀个区域,在此区域的基础上创建盒⼦。
例如创建⼀个⼤⼩为101010的⽴⽅区域,名称为mybox。以mybox尺⼨创建box,box内含有1种原⼦。
region mybox block 0 10 0 10 0 10 units box
create_box 1 mybox
如果region为球形,lammps⾸先计算出⼀个外切于此球的⽴⽅区域,应以此创建box,⽽不是创建⼀个球形的box。
例如:
region box sphere 0.0 0.0 0.0 5 units box
create_box 1 box
2. 创建⾮正交box
如果region区域为⾮正交区域,则以此区域可以创建⾮正交box。
region box prism 0 10 0 10 0 10 2 0 0
create_box 1 box
3. 创建复杂box
如果box内原⼦之间有键或⻆等信息,需要在创建box时指定键⻆等数量,具体格式为:
bond/types value = # of bond types
angle/types value = # of angle types
dihedral/types value = # of dihedral types
improper/types value = # of improper types
extra/bond/per/atom value = # of bonds per atom
extra/angle/per/atom value = # of angles per atom
extra/dihedral/per/atom value = # of dihedrals per atom
extra/improper/per/atom value = # of impropers per atom
extra/special/per/atom value = # of special neighbors per atom
例如H2O分⼦的box:
region box block 0 10 0 10 0 10 units box
create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 &
extra/special/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1
create_box命令应该是相对简单的⼀个命令,但要记住每个模型只有⼀个box,create_box⽤⼀次就⾜够了。
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