1.4 用学习表文档进行浏览和工作

目的：介绍Materials Studio中学习表(study table)的概念

模块：MaterialsVisualizer

时间：

先决条件：创建项目

介绍：

在Materials Studio中，学习表是工作流的一个重要部分。这些文档(.std文件)被显示为电子数据表、数学表达式值的集合以及具有化学常识的数据控制。学习表的单元格可以包含数字字符串、3D结构或者图表。

本教程将展示如何打开学习表、输入分子结构、计算所输入分子结构的一些基本性能。

注意：为了完成本教程，需要一个QSAR许可证。

1.打开一个新的学习表文档

从菜单栏中选择File|New...，当新建文档对话框出现时，选择studytable然后点击OK。

注意：还有几种新建学习表文档的方法，例如：点击标准工具栏上的新建习表文档；在项目浏览器中项目名上右击，在快捷菜单中选择New | Study Table。

新建的学习表文档以电子表格的形式显示在学习表观察器中。下面将描述怎样向学习表中插入分子。

2. 向学习表中插入分子结构

使study table 文档成为活动文档，从菜单栏选择Edit | Insert From...或者在标准工具上点击Insert From File按钮。

将会显示插入到活动文档对话框。现在从有机分子库中向学习表中插入分子。

双击Structures目录，然后再双击Organics目录，按下并拖动鼠标拉出一个方框包括该目录下所有的.msi文件，然后点击Insert。

10 个分子插入到学习表中。

3. 在学习表中浏览结构

表中A列显示的是分子的名子和3D Atomistic文档的图标，要想浏览分子的结构，只需要在合适的单元格上双击鼠标即可。

在包含135benz的单元格上双击鼠标。

一个包括 1，3，5-trimethylbenzene(三甲苯)的详细视图显示出来。可以对这个结构进行通常的操作，比如：编辑、缩放、平移和旋转等。

下面把苯环上的一个H原子变成甲基。

在苯环单击三个H原子中的一个选定它，在Sketch工具栏上单击与Modify Element 按钮相关联的选项箭头，出现一个元素列表，选择C。

现在H原子变成了C原子。

点击Adjust Hydrogen 按钮，在新增加的C原子上添加三个H原子。点击Commit Edit To Study Table 按钮，现在关闭本窗口。

4. 学习表所支持的其它结构类型

学习表还支持3D 周期系统，例如晶体或者非晶态胞状结构以及图表文档。3D Atomistic 轨迹(trajectory)文档(.xtd)也可以插入，轨迹文件的每一个框架被放置在学习表的行中。这些结构可以向前述那样插入，也可以从项目管理器中插入。

注意：学习表 文档类型不支持介观(Mesoscale)尺度结构。

5. 计算基本描述符

学习表的一部分视图如图1－7所示。

注意：在学习表最上面一行的单元格中，包含有列的选项卡，如A、B等，被称为“列标题”；第二行的单元格中，包含有列内容的描述，如Structures，被称为“列描述”。

当计算复杂结构的属性时，学习表的价值会明确显示出来。

在study table 中单击列A的列标题。

整个列变成了蓝色，表明被选择了。

注意：在任何时候都可以通过按ESC键来取消选择。

在QSAR Models 工具栏上点击 Models 按钮，会显示Models 对话框。从Output 列选择Element count，按住CTRL键，选择Atom count，然后点击Run。

注意：Element count默认的行为的计算C原子的数目，然而可以使用Models模型对话框上的Edit Model工具来改变这些。

图1-7包含有结构的Study table文档

现在等待任务结束，只需要几秒钟。

当计算结束时会出现任务完成信息，计算的结果列在B列和C列中。

点击OK关闭任务完成对话框，关闭Models对话框。

6. Study Table Viewer 选项

现在Study Table Viewer 工具栏上的几个工具变得可用了。

选择包含有原子数目数据的B列，点击Study Table Viewer 工具栏上Filter Selection 按钮。

这将建立一个包括学习表中相同部分的第二个数据表，其它的列被从视图中去掉了。这个选项在涉及大量数据集的时候是非常有用的。现在从新表中移除过滤。

单击与 Filter Selection 按钮相关联的选项箭头，从下拉列表中选择Show All。

现在所有的列都被显示出来。

注意：相似的过滤也可以对行执行。

选择包含有原子数目数据的B列，点击Sort Ascending(升序)按钮。

数据现在按原子数增加的顺序排列。

仍然选择B列，点击Study Table Viewer工具栏上的Quick Plot(快速绘制)按钮

生成了一个包含原子数与列数对关系图的图表文件。

返回到study table，选择空列D。点击定义函数按钮。在Expression文本框中输入 C/B，在 Name 文本框中输入 Ratio，在 Description 文本框中输入Fraction of carbon，点击 OK。

在每个分子中碳原子的分数被计算出来并被列在D列中。

选择Window | Close All 关闭所有的窗口，当出现提示时，点击Yes。