lammps中文教程8
1.8 lattice命令
lammps建模有两种⽅式,对于⼀些简单模型可以使⽤lammps⾃带的建模命令,对于复杂的结构使⽤其
他建模软件会更简单⼀些。
使⽤lammps⾃带的建模命令建模主要有以下⼏个流程:
(1)使⽤region命令确定⼀个模拟区域
(2)使⽤create_box命令在以上区域内⽣成⼀个模拟盒⼦box
(3)使⽤lattice命令确定晶格结构
(4)使⽤create_atoms命令在box内填充原⼦
下⾯的例⼦就是根据以上流程⽣成⼀个简单的Ni⽴⽅体块:
#---------1 基本参数-------------------------
units metal
dimension 3
boundary P PP
#---------2 建模-----------------------------
region box block 0 20 0 20 0 20 units box
create box 1 box
#生成Ni
lattice fcc 3.52
create_atoms 1 box
mass 1 58.7
#输出数据write data Ni.xyz
⽣成的Ni.xyz拖⼊到Ovito中显示如下:

使⽤lammps⾃带的命令不仅能够⽣成单晶材料,也可以⽣成复合材料。
下⾯我们看看如何上⾯的Ni中插⼊⼀层⽯墨烯原⼦。原理如下:
(1)使用delete atoms命令删除Ni中间层原子
(2)在中间层生成石墨烯原子
代码如下:
#建模代码,作者:小马老师,公众号:lammps加油站
#---------1基本参数-------------------------------
units metal
dimension 3
boundary P P P
#---------2建模--------------------------------
region box block 0 20 0 20 0 20 units box
create box 2 box
#生成Ni
lattice fcc 3.52
create atoms 1 box
#删除中间Ni层
region Ni_del block INFINF INFINF 10 13 units box
delete_atoms region Ni_del
#生成Graphene层
1attice custom2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 &
basis 0.0 0.33333 0.0 &
basis 0.0 0.66667 0.0 &
basis 0.5 0.16667 0.0 &
basis 0.5 0.83333 0.0
region Gp block 0 20 0 20 10 13 units box
create_atoms 2 region Gp
#设定原子质量
mass 158.7
mass 212.0
#输出数据
write_data NiGp.xyZ
生成后的图像:

图中蓝⾊的原⼦就是⽯墨的原⼦就是⽯墨烯原⼦,初始结构中,⽯墨烯原⼦和Ni原⼦有重叠,可使⽤能量最⼩化minimize命令,得到最优结构。
评论
春风得意马蹄疾

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