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lammps中文教程8

春风得意马蹄疾31
分子动力学LAMMPS原子建模晶格结构能量最小化材料建模FCC晶格石墨烯镍基材料复合材料计算材料学原子模拟

1.8 lattice命令

lammps建模有两种⽅式,对于⼀些简单模型可以使⽤lammps⾃带的建模命令,对于复杂的结构使⽤其

他建模软件会更简单⼀些。

使⽤lammps⾃带的建模命令建模主要有以下⼏个流程:

(1)使⽤region命令确定⼀个模拟区域

(2)使⽤create_box命令在以上区域内⽣成⼀个模拟盒⼦box

(3)使⽤lattice命令确定晶格结构

(4)使⽤create_atoms命令在box内填充原⼦

下⾯的例⼦就是根据以上流程⽣成⼀个简单的Ni⽴⽅体块:

#---------1 基本参数-------------------------

units metal

dimension 3

boundary P PP

#---------2 建模-----------------------------

region box block 0 20 0 20 0 20 units box

create box 1 box

#生成Ni

lattice fcc 3.52

create_atoms 1 box

mass 1 58.7

#输出数据write data Ni.xyz

⽣成的Ni.xyz拖⼊到Ovito中显示如下:

使⽤lammps⾃带的命令不仅能够⽣成单晶材料,也可以⽣成复合材料。

下⾯我们看看如何上⾯的Ni中插⼊⼀层⽯墨烯原⼦。原理如下:

(1)使用delete atoms命令删除Ni中间层原子

(2)在中间层生成石墨烯原子

代码如下:

#建模代码,作者:小马老师,公众号:lammps加油站

#---------1基本参数-------------------------------

units metal

dimension 3

boundary P P P

#---------2建模--------------------------------

region box block 0 20 0 20 0 20 units box

create box 2 box

#生成Ni

lattice fcc 3.52

create atoms 1 box

#删除中间Ni层

region Ni_del block INFINF INFINF 10 13 units box

delete_atoms region Ni_del

#生成Graphene层

1attice custom2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 &

basis 0.0 0.33333 0.0 &

basis 0.0 0.66667 0.0 &

basis 0.5 0.16667 0.0 &

basis 0.5 0.83333 0.0

region Gp block 0 20 0 20 10 13 units box  

create_atoms 2 region Gp

#设定原子质量

mass 158.7

mass 212.0

#输出数据

write_data NiGp.xyZ

生成后的图像:

图中蓝⾊的原⼦就是⽯墨的原⼦就是⽯墨烯原⼦,初始结构中,⽯墨烯原⼦和Ni原⼦有重叠,可使⽤能量最⼩化minimize命令,得到最优结构。

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