1.10 boundary命令

boundary命令设置box的边界条件，语法⽐较简单：

boundary x y z

参数xyz分别设置该维度的边界条件，最基本的边界条件有四种：p、f、s、m。

lammps⽀持对同⼀⽅向的两个表⾯设置不同的边界条件，如对y⽅向下表⾯设置f边界、上表⾯设置s边界，可以写为：

boundary p fs p

1. 周期性边界：p

参数p表示周期性边界条件，当粒⼦从⼀侧⻜出，会从相对应的另⼀侧再次进⼊box，⼀般情况下不会发⽣“lost atoms”丢失原⼦错误。

2. 固定边界：f

参数f表示box的表⾯在该⽅向上被固定住，不因体系压⼒的变化发⽣移动。

如果原⼦从⼀个表⾯⻜出，会提示“lost atoms”错误，设置thermo_modify lost可以允许原⼦丢失，否则模拟过程会被终⽌。

3. 收缩性边界：s

参数s表示在该⽅向上，盒⼦的表⾯会根据体系的压⼒⼤⼩或原⼦运动情况发⽣移动。

⼀般情况下，盒⼦会配合原⼦的移动，尽量把原⼦包含在box内，但是当原⼦速度过快，位移太⼤时原⼦也可能会⻜出盒⼦，造成“lost atoms”错误。

4. 限制性收缩：m

参数m功能和s差不多，盒⼦⼤⼩同样会随原⼦的移动⽽发⽣变化，但盒⼦在收缩到限定值时就不再发⽣变化，也就是盒⼦尺⼨有⼀个最⼩值。

例如z⽅向上表⾯最⼩值设为50，当该表⾯收缩到50时会停⽌收缩，类似转换成了临时性的固定边界。

通常在建模或者读取data⽂件之前设置boundary命令，在模拟运⾏的过程中也可以改变边界条件设置。

⽐如，使⽤velocity进⾏拉伸时，拉伸⽅向z不能为周期性边界条件，但是在弛豫阶段⼜需要在npt系综下消除z⽅向的应⼒，否则初始应⼒可能不为0，这种情况下就可以先使⽤周期性边界条件进⾏驰豫，在拉伸前使⽤change_box命令改变周期性条件：

boundary p p p

#进行npt系综下驰豫

……

#z方向改为s change box all boundary p p s

#进行拉伸

……