计算机材料设计Materials-Studio教程11
3. 绘制二环戊二烯(Sketching dicyclopentadiene)
二环戊二烯的结构如下图所示:

图2-5 二环戊二烯的结构
它经常被用于杀虫剂或除草剂合成中的中间体(媒介物)。
在 Standard 工具栏上点击新建按钮,显示新建文档对话框,在 3D Atomistic 上双击。
现在画一个6节环。
在Sketch工具栏上点击Sketch Ring按钮,在空白的3D文档中点击一次,放置一个6节环。
接下来你将合并一个5节环到6节环上。
点击与 Sketch Ring 按钮相关联的选项箭头,从下拉列表中选择 5 Member,在6节环的一个键上移动光标,当变成亮蓝色时点击,将5节环合并到这个键上。
5 节环合并到了6节环上,现在需要添加桥碳原子,可以使用Sketch Atom工具来完成。
点击Sketch Atom 按钮,检查C是否为用于绘图的元素,若不是,点击选项箭头,从下拉列表中选择Carbon。
如图2-6所示,移动光标到原子1的上方,当原子颜色变成亮蓝色时点击,移动光标到环的中部,再次点击,放置桥原子,移动光标到原子 2,当原子的颜色变成橙色时最后点击一次。

图2-6 添加桥碳原子
现在已经在6节环中两个碳原子之间建立了一个桥碳原子。
如果在某一点上出现操作错误,可以通过点击Undo 按钮恢复,还可以从菜单栏中选择Edit | Undo或者在键盘上按CTRL + Z来恢复。
在Standard 工具栏中点击Undo按钮,恢复最后一个动作。
与Undo 按钮相关联的选项箭头提供了使用恢复下拉列表的功能,允许你最多一次恢复先前的20个动作。
如果恢复了过多的步骤,可以使用 Redo 按钮重做,还可以从菜单栏中选择Edit | Redo 或者在键盘上按CTRL +Y来重做。
重做最后一步,点击Redo按钮。
类似的,与Rndo按钮相关联的下拉列表允许你最多一次重做先前的20个恢复动作。
为了完成这个结构,必须使用Modify Bond Type工具向两个环添加双键。第一步是选择想要修改的两个键。

图2-7 修改键类型
在3D Viewer 工具栏中点击 3D Viewer Selection Mode 按钮,选择如上图所示的键3。
在键中间会出现一个黄色的正方形,表明它已经被选择了,可以现时选择两个键作为键序列以节省时间。
按住SHIFT键,移动鼠标到键4的上方,点击键的中部。
在第二个键的中间出现一个黄色的正方形,表明它也已经被选择了,现在可以改变键序列的类型。
在Sketch 工具栏上点击与Modify Bond Type 按钮相关联的选项箭头,从下拉列表中选择Double Bond。
在结构中被选择的键转换成了双键。
现在在3D Atomistic document.xsd中通过点击任意位置取消选择键,下一步的操作将影响到所有原子。
最后一步是添加氢原子并整理结构。
在Sketch工具栏上点击Adjust Hydrogen按钮。点击Clean按钮最终的结构看起来如图2-8所示。
最后保存结构。

图2-8二环戊二烯的3D结构
在Standard 工具栏上点击Save按钮。
这将以默认的文件名保存结构。如果建立的项目中包括多个结构,应使用Save As...命令,因为这将允许你指定在Project Explorer 中出现的模型的名字。
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