lammps中文教程12
1.12 write_dump命令
lammps建模完成后,验证模型是否准确最简单的⽅法是使⽤write_data命令保存data⽂件,在ovito中打
开data⽂件就可以看到建模的结果。
这个命令⽐较简单,在公众号“lammps加油站”案例代码中⽤的⽐较多。
但是,这个命令也有⼀个明显的不⾜,不能按照元素的类型保存data⽂件。
在之前的推⽂中,介绍过dump_modify命令,可以按照元素类型保存轨迹⽂件,显示效果⽐好:
lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观
dump命令只能在启动运算后才能够保存轨迹⽂件,如果需要在建模阶段保存类似dump_modify后的效
果,write_data命令就不能满⾜要求了。
lammps还提供了⼀个保存模型的命令:write_dump。
write_dump命令保存某⼀瞬时时刻的模型⽂件,功能类似dump命令,区别是仅保存当前时刻的模型,
⽽不是每隔⼀定的步数保存⽂件。
write_dump命令能够实现dump_modify的功能,也就是可以按照元素名称保存data⽂件。
以NaCl溶液建模为例,write_data命令改为write_dump命令:
write_dump all xyz all.xyz modify element O H Na Cl
结果为:

Cu粗糙界⾯建模代码改为:
write_dump all xyz all.xyz modify element Cu
结果为:

需要注意的是write_dump命令保存的⽂件格式和dump⽂件格式相同,不是lammps直接读取的data⽂
件格式。
因此,以上保存的all.xyz⽂件不能被lammps read_data命令直接读取,但可以在ovito中正常显示。
write_dump命令功能⽐较强⼤,有兴趣的同学可以查阅⼿册灵活使⽤,可以作为保存模型的⼀个可选⽅
案。
评论
春风得意马蹄疾

干货推荐

研究生有限元复习重点
爽子
67 6

【代码分享】费米面嵌套(Fermi surface nesting)函数计算
张阳小号1
651 2

lammps中文教程12
春风得意马蹄疾
86 2

二氧化碳捕集及资源化利用:从"废气"到"碳资源"的产业革命
春风得意马蹄疾
76 2

分子动力学模拟:从原始轨迹到科学结论的推理路径解析
吃鱼不
123 3

分子轨道理论简介与计算示例
天玑智研
769 6
