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lammps中文教程12

春风得意马蹄疾87
分子动力学LAMMPS原子尺度模拟计算材料学材料建模界面建模模型可视化元素类型标记NaCl溶液铜粗糙界面Ovito可视化轨迹文件模型文件保存

1.12 write_dump命令

lammps建模完成后,验证模型是否准确最简单的⽅法是使⽤write_data命令保存data⽂件,在ovito中打
开data⽂件就可以看到建模的结果。
这个命令⽐较简单,在公众号“lammps加油站”案例代码中⽤的⽐较多。
但是,这个命令也有⼀个明显的不⾜,不能按照元素的类型保存data⽂件。
在之前的推⽂中,介绍过dump_modify命令,可以按照元素类型保存轨迹⽂件,显示效果⽐好:
lammps教程:dump_modify使模拟图像更美观
dump命令只能在启动运算后才能够保存轨迹⽂件,如果需要在建模阶段保存类似dump_modify后的效
果,write_data命令就不能满⾜要求了。
lammps还提供了⼀个保存模型的命令:write_dump。
write_dump命令保存某⼀瞬时时刻的模型⽂件,功能类似dump命令,区别是仅保存当前时刻的模型,
⽽不是每隔⼀定的步数保存⽂件。
write_dump命令能够实现dump_modify的功能,也就是可以按照元素名称保存data⽂件。
以NaCl溶液建模为例,write_data命令改为write_dump命令:
write_dump all xyz all.xyz  modify element O H Na Cl
结果为:

Cu粗糙界⾯建模代码改为:

write_dump all xyz all.xyz  modify element Cu
结果为:

需要注意的是write_dump命令保存的⽂件格式和dump⽂件格式相同,不是lammps直接读取的data⽂
件格式。
因此,以上保存的all.xyz⽂件不能被lammps read_data命令直接读取,但可以在ovito中正常显示。
write_dump命令功能⽐较强⼤,有兴趣的同学可以查阅⼿册灵活使⽤,可以作为保存模型的⼀个可选⽅
案。

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