4. 绘制嘧啶(pyridine)

下面的结构就是你将构造的2－氯吡啶(2－chloropyridine)

图2－9 2－氯吡啶的结构

在Standard 工具栏上点击与New按钮相关联的选项箭头，从下拉列表中选择3D Atomistic Document。

在绘图之前应该将空白的3D Atomistic文档重新命名。

在Project Explorer 中，在 3D Atomistic.xsd 上点击右键，从快捷菜单中选择Rename，输入pyridine，点击OK。

首选在新建的3D Atomistic文档中绘制一个苯环。

从Sketch工具栏上选择Sketch Ring工具，点击选项箭头，从下拉列表中选择6 Member，按住ALT键在3D Atomistic文档中点击一次。

在3D Atomistic 文档中画出了一个苯环，现在需要编辑一个碳原子变成氮原子，这一次使用Properties Explorer 来实现改变。

从菜单栏中选择View | Explorers | Properties Explorer。

打开的Properties Explorer 位于屏幕左边 Project Explorer 的下方，它包括一个表格视图，表格中有两列，选项卡分别是Property和 Value。

点击3D Viewer Selection Mode 按钮，在3D视图中选择一个原子。

Properties Explorer 会所选择的原子的信息进行更新，表中开始的几列为harge, Composition, ElementName, and ElementSymbol。

在 Properties Explorer 顶部移动鼠标，当出现缩放图标时按住鼠标并上下拖动，可以将Properties Explorer区增大或缩少。和Materials Studio中其它的Explorers一样，通过点击标题栏并拖动可以将Properties Explorer从它的位置拖出来并放到屏幕上的任何位置。

图2－9 属性管理器

下面将把所选择的原子从碳变成氮。

在Properties Explorer 的 Property 栏上双击ElementSymbol。

将显示包含元素周期表的Edit ElementSymbol对话框。

选择N并点击OK。

所选择的原子从灰色变成蓝色。Properties Explorer 中的其它参数，例如MassNumber 等也随之更新。

滚动Properties列表，观察其它已经改变的内容。在3D视图中点击取消选择原子。

下一步是使用Sketch Atom工具连接氯原子。

在Sketch工具栏上选择Sketch Atom工具，点击选项箭头，从下拉列表中选择Chlorine，在苯环中选择与氮原子相邻的碳原子，点击，移动光标远离结合键，双击以结束绘制。

一个绿色的氯原子连接到了苯环上。一步需要增加氢原子。

点击Adjust Hydrogen 按钮。

在整理结构之前，观察一些Materials Studio中包含的测量工具。你将建立键长和键角的测量，并且通过在HTML文档中记录数值来监测结构整理前后这些值的变化。

从Sketch 工具栏中选择Measure/Change 工具，点击选项箭头，从下拉列表中选择Distance，在连接C原子和Cl原子的键中间移动光标，当键变成亮蓝色时，点击。

键的上方出现了一列红色的短线和一个红色的数字，这是C-Cl键的键长，它的值取决于如何建立结构。

Materials Studio提供了方便的HTML文档来代替在纸上记录项目的信息，这使你能够追踪任何设置或改变计算参数所产生的结果。

在Project Explorer中右击项目的根部(挨着Materials Studio图标显示为粗斜体)，从快捷菜单中选择New | HTML Document。

打开一个HTML文档，在这里可以输入信息。这个新的HTML文档也显示在Project Explorer中。

在HTML文档中点击，输入：“C-Cl bond length before cleaning is:”，然后输入距离测量得到的数值。

现在测量Cl原子和苯环之间的键角。

在Project Explorer中双击pyridine.xsd，使它成为活动文档。点击与Measure/Change工具相关联的选项箭头，从下拉列表中选择Angle。依次点击Cl、C、N原子以测量Cl-C-N键的键角。

键角显示为红色点线，距离监测器现在变成了绿色，你也应该在HTML文档中记录角度值。

在Project Explorer中双击HTML.htm，使其成为活动文档，另起一行，输入：“Cl-C-N bond angle is:”随后输入测量值。通过在Project Explorer中双击返回pyridine.xsd。

现在整理结构。

在Sketch工具栏上点击Clean按钮。

整理之后键角和键长值会改变，表明通过Clean工具可以使结构的几何形状改善。

新的键长和键角值应该记录在HTML文档。

选择HTML文档窗口，输入新值，从菜单栏中选择File | Save Project。

现在保存了项目，包括它所包含的所有文档。

图2－10 氯吡啶的结构