在3D Viewer工具栏上点击3D Viewer Selection Mode按钮，按住SHIFT键，选择所有需要改成双键的键。点击Sketch工具栏上与Modify Bond Type按钮相关联的选项箭头，从下拉列表中选择Double Bond。

选择的所有键都从单键变成了双键。

6. 添加氢原子并整理结构

现在你将向结构添加氢原子。

在3D视图远离结构点击，以取消选择所有键。在Sketch工具栏上点击Adjust Hydrogen 按钮。

Adjust Hydrogen 工具检测并且自动地用H原子填充结构中的空价。如果结构中所有的键类型都被正确地设置了，那么在结构中每个桥C原子和两个N原子上都应该连接一个H原子，每个环上都应该连接两个H原子。如果你的结构不是这样的，应该检查结构的正确性。

最后一步是使用Clean工具设置结构具有合理的几何形状。

在Sketch工具栏上点击Clean按钮。

Clean 工具不执行结构的能量最小化，而是通过查标准键长和键表给出一个近似正确的几何形状。

7. 更改显示样式

本节简要介绍Materials Visualizer 中可以获得的显示风格设置。

在3D Viewer 工具栏上点击Display Style按钮。

显示出Display Style 对话框，在Atom选项卡上有5种基本的显示样式，当前的样式是Line，其它的样式是Stick、Ball and stick、CPK和Polyhedron。

点击Stick显示样式。

结构被显示成柱状而不再是线状。如果想改变柱的半径，可以使用Stick radius进行控制。

将Stick radius 的文本值从0.2改成0.4，然后按TAB键。

杆的宽度增加了。如果不想显示键的类型，可以从显示视图中移除。

取消选择Bond order复选框。

在porphine.xsd 中，所有的键都被显示成圆柱，单键和双键之间没有区别。

把Stick radius 改回 0.2，然后选择Ball and stick选项。

结构现在显示成球和杆的模型，也可以用CPK显示样式将结构看成实心球的集合。

选择CPK选项，关闭Display Style对话框。

对于报告或出版物来说，准备高质量的分子结构的图片通常是十分必要的。

从菜单栏选择View | Display Options。

Display Options 对话框显示出来，如图 2－21，有三个选项卡：Graphics、Legends 和 Backgrounds。

在Graphics 选项卡上，点击Quality滑块并拖动它由Low向High滑动，将滑块放置在最高值左侧的第二个格上。

由于质量的增加而使分辨率的提高是很显然的。当模型被旋转时，分辨率自动减到低水平，但是当旋转停止时又会自动增加，这使在高图像质量情况下的快速旋转成为可能。除非要使用打印质量的输出，否则没有必要使用最高的图像质量。建议质量滑块至少在最高值左侧的第二个格以下，以保证在对结构进行操作时3D视图的敏感性。

图2－21 Display Options 对话框Graphics选项卡

为了旋转模型，要在工具栏上选择 3D Viewer Rotation Mode 按钮并在porphine.xsd 上点击左键并拖动光标。如果想强制绕着x、y和z轴旋转的话，需要分别按住X、Y和Z键，在文件上按右键并拖动光标。

也可以改变文件的背景颜色。

在Display Options 对话框上选择Backgrounds 选项卡。

可以选择单一的背景颜色，也可以选择渐变的背景颜色，还可以自己生成位图文件作为背景。

从背景选项列表中选择Black-LightBlue。

从黑色渐变到亮蓝色作为3D Atomistic文件的背景。如果想使用简单的背景，可以在颜色对话框中选择一种。

选择 Solid color 选择，然后点击颜色选择器显示颜色对话框，从调色板中选择一种并点击OK。

8. 输出图像

可以将3D Atomistic 文件显示的图像作为位图输出，输出的图像可以包含到其它文件中或发送给同事。位图图像被存储为.bmp格式，可以使用简单的位图编辑器比如Windows的画图进行编辑。

从菜单栏选择File | Export...显示Export对话框。点击Export as type文本框右侧的选项箭头，从下拉列表中选择Structure Bitmap (*.bmp)。

一旦选择了位图格式，Options...按钮就被激活了。

点击Options...按钮以显示Bitmap Export Options 对话框。

可以调节对话框中的位图图像的像素尺寸以适合你的需求。在本例中不需要改变任何设置。

在Bitmap Export Options 对话框中点击 OK，在 Export 对话框中，选择想存储图像的目录然后点击Export。