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Angew:超越识别,核酸适体的功能性筛选及其生物医学应用

天玑智研17
分子动力学机器学习结构预测计算生物学计算机辅助SELEX核酸适体功能性SELEX适体筛选化学修饰体外进化人工核苷酸靶向病原体肿瘤治疗神经退行性疾病精准医疗生物医学应用

引言

在生物医学领域,适体(Aptamer)因其高特异性、高亲和力以及易于合成的特点,正逐渐成为新一代分子工具。然而,传统适体筛选技术(SELEX)仅关注适体的结合能力,却忽略了其在生物功能调控上的潜力,这极大限制了适体在疾病治疗和诊断中的应用。

最近,中国科学院杭州医学研究所的谭蔚泓院士、何磊副研究员以及湖南大学张晓兵教授、上海交通大学孙洋副研究员等人联合在国际权威期刊Angew上发表了一篇综述文章——《Functional SELEX and Biomedical Applications of Aptamers: Beyond Molecular Recognition》,系统性地分析了核酸适体功能性SELEX技术的突破性进展、面临的挑战以及未来发展方向。今天,我们将带您深入解读这篇综述的核心内容,一起探索适体技术的未来!

一、传统SELEX的局限与

     功能性SELEX的诞生

传统SELEX技术通过反复筛选和富集,能够获得与靶点高效结合的适体。然而,这些适体往往只具备结合能力,却无法直接调控生物功能,例如影响信号传导、基因表达或蛋白质活性。这导致许多适体在实际应用中效果有限,难以满足临床需求。功能性SELEX(Functional SELEX,F-SELEX)的诞生,彻底改变了这一局面。通过优化筛选库设计和筛选流程,F-SELEX能够生成一种新型适体——功能性适体(F-aptamer)。这种适体不仅能够精准识别靶点,还具备特定的生物调控功能,例如抑制病原体感染、调控免疫反应、甚至诱导肿瘤细胞凋亡。

二、功能性SELEX的筛选策略

功能性SELEX的核心在于筛选策略的创新,以下是该综述中重点介绍的几种功能性核酸适体筛选方法:

1. 功能性验证驱动的SELEX

功能性验证驱动的SELEX(Functional Validation-Driven SELEX)将功能性验证步骤整合到传统SELEX流程中。例如,细胞特异性SELEX(CS-SELEX)和细胞毒性SELEX(CT-SELEX)的结合,能够筛选出既能特异性识别靶细胞,又能诱导细胞凋亡的功能性适体。这种方法在肿瘤治疗中展现了巨大潜力。

2. 化学修饰参与的SELEX

通过引入化学修饰,可以显著提升适体的稳定性和功能性。例如,人工核苷酸的引入(如P-Z碱基对)能够增强适体的结合能力和功能多样性。此外,外源核酸(如TNA)的应用,进一步拓展了适体的功能范围。

3. 计算机辅助的SELEX

随着计算生物学的发展,计算机辅助的SELEX(Computer-Aided Functional SELEX)成为筛选功能性适体的重要工具。通过分子动力学模拟、结构预测和机器学习算法,研究人员能够快速筛选出具有特定功能的适体,显著提高了筛选效率和精确性。

4. 体外进化技术

功能性适体体外进化技术(F-aptamer In Vitro Evolution, FAIVE)通过结合点击化学反应和核酸修饰,能够生成具有特定功能基团的适体。例如,针对HIV-1 Tat蛋白的功能性适体,能够有效阻断病毒复制。

三、功能性核酸适体的三大应用领域

功能性适体的出现,为生物医学领域带来了全新的可能性。在综述中,作者重点探讨了其在以下三大领域的应用:

1. 靶向病原体感染

功能性适体能够通过阻断病原体与宿主细胞的相互作用,有效抑制感染。例如,针对新冠病毒(SARS-CoV-2),功能性适体可以精准结合病毒刺突蛋白的受体结合域(RBD),阻止其与宿主细胞受体ACE2的结合,从而中和病毒并减少炎症反应。

2. 肿瘤治疗

在肿瘤治疗中,功能性适体不仅能够特异性识别肿瘤细胞,还能通过调控关键信号通路,诱导肿瘤细胞凋亡或抑制其迁移。例如,一种名为SAPT8的功能性适体,能够特异性地识别类风湿性关节炎患者的滑膜成纤维细胞(RA-FLS),并诱导其凋亡,为肿瘤免疫治疗提供了新思路。

3. 神经退行性疾病

功能性适体在阿尔茨海默症等神经退行性疾病中也展现出巨大潜力。例如,针对阿尔茨海默症的关键致病蛋白Tau,功能性适体能够有效抑制其异常聚集,从而延缓疾病进展。

四、功能性SELEX的未来:机遇与挑战

尽管功能性SELEX技术前景广阔,但仍面临诸多挑战:

-筛选效率与精确性:如何快速、精准地筛选出具有特定功能的功能性适体,是当前研究的重点。

-体内稳定性:功能性适体在体内的稳定性和靶向性仍需进一步优化。  

-临床应用转化:如何将实验室中的研究成果转化为临床可用的治疗手段,是未来研究的核心目标。

在综述中,作者提出了一系列创新策略,例如计算机辅助SELEX、机器学习驱动SELEX以及体内SELEX技术,这些方法有望显著提高功能性适体的筛选效率和精确性,为未来的临床应用奠定基础。

五、结语:适体技术的未来已来

功能性SELEX技术的出现,标志着核酸适体技术进入了一个全新的时代。功能性适体不仅能够精准识别靶点,还具备强大的生物调控能力,为疾病治疗、诊断和生物研究提供了全新的工具。正如综述中所说:“功能性适体的高特异性和多功能性,将重新定义分子医学的领域,推动精准医疗和个性化保健的发展。”

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