共12节 已有1476人学过
主讲老师李秉轲 · 副教授&物理化学博士
更新时间2026-06-09 16:22:16
课件资料暂无
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课程简介
AMBER是一款专门用于生物分子模拟的软件，主要用于蛋白质和核酸的分子动力学模拟和分析。它具有多种分子力场和高度优化的性能，可以进行高精度的模拟和分析。Amber实行高效的并行计算，可以很好的处理大分子、有机物分子、隐（显）式溶剂模型，在生物、化工领域有广泛的应用。
本期课程将从AMBER的安装运行开始，深入研究对象模型的获取与构建、能量优化、分子动力学模拟、轨迹特征获取、基于能量的相互作用机理分析等知识点，为各位科研er讲解AMBER理论及实操知识。
讲师介绍
李秉轲副教授，四川大学物理化学专业博士，电子科技大学凝聚态物理专业博士后，南阳理工学院副教授，发表SCI收录论文十余篇，其中，一作6篇，共一1篇，通讯3篇。主要研究方向为计算机辅助药物设计、光电催化模拟与计算。主持完成四川省科技创新苗子工程培育项目1项，主研国家自然科学基金和四川省科技厅项目多项，指导学生荣获“挑战杯”河南省大学生课外学术科技作品竞赛特等奖并获批多项国家级大学生创新训练项目立项。
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天玑智研.学术共享平台是面向科研工作者、高校、科研院所及研发型企业的专业性社会化平台，为生化环材等领域提供学术交流、专业知识、学术热点以及科研服务。
这是一套面向分子模拟初学者的 Amber 实战入门课程，共12课时，以蛋白体系为主线，把从PDB结构获取到MD模拟前处理的完整链路拆成可操作步骤。课程核心价值在于：不只讲概念，更带你在虚拟机/Xshell中完成pdb4amber清理、tleap建模、隐式与显式溶剂化、离子中和与生理盐浓度计算、NVT/NPT平衡输入文件设置，并用VMD、H++检查结构、二硫键和组氨酸质子化状态；最后延伸到antechamber与GAFF，为药物小分子生成参数。适合计算化学、生物物理、药学与生命科学方向的研究生和科研新人，以及需要开展蛋白-配体模拟、结合自由能计算或毕业论文课题的学习者。完成后你将能独立完成从PDB预处理、拓扑/坐标文件生成到显式水体系搭建和小分子参数化的基础流程，养成查日志、排错、验证体系的严谨科研习惯，为后续能量最小化、动力学模拟和轨迹分析打下坚实基础。
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李秉轲 · 副教授&物理化学博士
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