课程内容

1、分子动力学一般理论

2、分子动力学以及Gromacs的介绍

3、Gromacs生物分子建模和文件、命令讲解  

4、Gromacs运行文件与命令讲解

5、Gromacs预平衡和基础分析

6、Gromacs平衡模拟与常规数据采集

7、Gromacs常规数据采集和可视化

8、Gromacs-结果分析之VMD可视化操作——使用Clipchamp制作  

9、Gromacs-小分子结构优化和参数化 (一)

10、小分子结构优化和参数化（二）

11、长链聚合物建模和参数化（一）

12、长链聚合物建模和参数化（二）

13、pymol绘图(一)

14、pymol绘图(二)

15、vmd数据处理

16、分子动力学一般理论

17、分子动力学的模拟流程

讲师介绍

天玑智研MD资深技术专家，拥有5年以上gromacs等动力学软件重度使用经验，拥有3年以上的教学经验。主要研究药物靶点-配体的相互作用以及计算机辅助药物设计，筛选和生物活性评价，聚合物体系组装，弱相互作用分析等。截至2024年6月，在JMCA、CALPHAD、International Journal of Hydrogen Energy、Physical Chemistry Chemical Physics等期刊上发表论文20篇。近年来参与国家级项目2项，省部级项目2项。

授课方向

1、模型：蛋白，核酸，聚合物(均聚/共聚等)

2、性质计算：弱相互作用，结合能，伞形采样，牵引拉伸

3、结果分析：

1）动力学方向：均方根偏差(RMSD)，均方根涨落(RMSF)；溶剂可及表面积(SASA)，回旋半径(Rg)；氢键以及氢键寿命，径向分布函数(RDF)，空间分布函数(SDF)；相互作用能，结合自由能+能量分解，自由能垒(PMF)

2）量化方向：相互作用指示函数(IRI)，IGMH，ELF，LOL，ESP，HOMO/LUMO等

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