这是一门以 GROMACS 为主线的分子动力学实战课程，从 Linux/WSL 安装与环境配置讲起，逐步带你完成气体、溶液、油水界面、聚合物、SiO₂纳米孔、蛋白复合物、核酸、血红素及小分子配体等体系的建模与模拟。课程核心价值在于把“能装、能建、能跑、能分析”串成完整工作流：拓扑与力场准备、CHARMM-GUI/SwissParam/ATB/LigParGen/ACPYPE 参数化、能量最小化与平衡、production 设置，以及 RDF、MSD、氢键、RMSD/RMSF、Rg、DSSP 等分析，并配合 VMD/PyMOL 可视化出图。适合计算化学、材料、生物物理、药学与相关方向的研究生、科研人员和工程师，具备基础 Linux 操作更佳。学完后，你将能独立搭建常见及复杂体系，理解力场与参数选择，排查建盒、加离子、拓扑和轨迹分析中的常见问题，为论文模拟与课题研究打下扎实基础。