这是一门从理论到实操的分子动力学/GROMACS入门课。它先讲统计物理、系综、牛顿方程与数值积分，帮你理解MD为何能连接微观运动与宏观性质；随后进入GROMACS全流程：PDB检索与结构筛选、拓扑与力场、建盒溶剂化、加离子、能量最小化、NVT/NPT平衡、生产模拟、轨迹后处理和VMD可视化。课程还覆盖蛋白-小分子配体参数化、RESP电荷、GAFF力场、拓扑合并，以及聚合物/修饰残基的RTP建模与报错排查。适合化学、材料、生物、药学等方向零基础或刚入门、希望独立开展MD模拟的学生和科研人员。学完后你能读懂系综与MDP参数，熟练运行grompp/mdrun，搭建水盒子、蛋白、蛋白-配体及聚合物体系，分析RMSD、RMSF、Rg、SASA、RDF和氢键，并能定位常见拓扑错误、提交超算作业，为论文和课题研究打下完整实践基础。