本课程带你从零走进 GEO 数据挖掘的核心流程。前三课时先系统讲解 GEO 数据库的定位、数据层级与检索方法，理清 GPL、GSE、GSM、GDS、Profile 之间的关系，教你根据研究目的筛选人类样本、芯片或测序数据，并读懂 GSE 页面中的分组、平台和可下载文件。随后介绍基因芯片基本原理、单色与双色芯片差异、ExpressionSet 结构，以及 GEOquery、limma、affy 等常用 R 包，帮助你建立“下载—读取—质控—标准化—注释—差异分析—富集分析”的完整思路。最后通过 GEOquery 实操，演示如何手动下载并本地读取 series matrix，提取表达矩阵和样本信息，处理多平台、多表达矩阵及无表达矩阵等常见问题。 本课程适合生物医学、农学、临床研究等方向的生信入门者，以及希望利用 GEO 公共数据发表论文、寻找差异基因和 hub 基因的学习者。学完后，你将能独立检索和判断 GEO 数据质量，正确选择下载策略，读取并整理数据，为后续 R 语言分析和富集研究打下扎实基础。