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主讲老师苑老师 · MD资深技术专家
更新时间2026-06-09 16:13:36
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课程介绍
本课程介绍了分子动力学基础和gromacs的势函数理论，从水盒子开始讲解构建模型的相关命令。重点讲解了生物体系小分子和蛋白的模型构建，从中学习pdb、gro、top、itp、mdp、tpr等文件的格式和使用技巧。此外介绍了基于ndx文件的灵活性分析方法，最后通过讲解聚合物模型以深入认识力场库的撰写方式，认识groamcs自建力场的关键步骤。
讲师介绍
天玑智研全职分子动力学资深专家，拥有5年以上gromacs等动力学软件深度使用经验，拥有3年以上的教学经验。主要研究药物靶点-配体的相互作用以及计算机辅助药物设计、筛选和生物活性评价，聚合物体系组装，弱相互作用分析等。截至2024年6月，在JMCA、CALPHAD、International Journal of Hydrogen Energy、Physical Chemistry Chemical Physics等期刊上发表论文20篇。近年来参与国家级项目2项，省部级项目2项。
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天玑智研.学术共享平台是面向科研工作者、高校、科研院所及研发型企业的专业性社会化平台，为生化环材等领域提供学术交流、专业知识、学术热点以及科研服务。
这是一门面向分子动力学初学者的系统实战课，以GROMACS为主线，串联统计物理基础、系综与抽样思想、力场与拓扑、周期性边界、能量最小化、NPT预平衡、生产模拟和轨迹分析。课程从纯水盒子、蛋白水溶液、蛋白-配体复合物讲到小分子电荷拟合与自定义聚合物RTP建模，涵盖Gaussian、Multiwfn、Sobtop、VMD、PyMOL等工具，并带你分析RMSD、RMSF、SASA、Rg、氢键、RDF和接触数。适合化学、生物、材料、药学等方向零基础或想系统补齐GROMACS流程的本科生、研究生与科研人员。学完后，你能独立完成从结构获取、体系搭建、拓扑生成、参数设置、模拟排错到结果分析和论文出图的全流程，也能上手蛋白-配体、聚合物及非标准残基等进阶建模。
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苑老师 · MD资深技术专家
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