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Gromacs常规细胞膜体系课程

共15节 已有133人学过

主讲老师兰老师 · MD高级工程师

更新时间2026-01-07 15:11:39

课件资料暂无

1999

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课程介绍

课程介绍

本课程介绍了分子动力学基础理论与常见生物体系力场,并在此基础上对常规细胞膜体系(药物分子与细胞膜相互作用、多肽与细胞膜相互通以及膜蛋白体系)的分子动力学模拟进行教学。重点讲解了细胞膜模型构建(CHARMM-GUI)以及药物分子模型构建及优化,分子动力学流程及结果分析,从而使学员能独自使用Gromacs软件进行常规细胞膜体系的分子动力学模拟。此外还介绍了相关文件处理技巧以及后续的可视化视图绘制(VMD和PyMOL)。

讲师介绍

拥有4年gromacs等动力学软件使用经验。主要研究生物大分子在纳米材料表面的吸附,抗肿瘤纳米颗粒和聚合物体系自组装,纳滤膜混合溶液分离和离子过滤等。截至目前,在国内外期刊上发表学术论文多篇,SCI检索3篇,其中第一作者SCI检索论文2篇

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兰老师 · MD高级工程师

天玑智研·学术共享平台是面向高校、科研院所及企业科研工作者的专业性网络交流平台,提供催化、电池、能源、生物、生化、医药、环境等相关领域的视频课程、专业知识、最新科研进展以及技术服务。

AI课程导读

这是一门围绕 GROMACS 常规细胞膜体系分子动力学模拟的完整实战课程,共15课时,覆盖从理论基础、力场选择、Linux与常用软件,到CHARMM-GUI建模、药物小分子与抗菌肽参数构建、膜蛋白复合体系搭建,再到TOP/ITP/MDP文件、能量最小化、NVT/NPT平衡、生产MD、轨迹处理和论文级可视化的全流程。课程核心价值在于把“理论—建模—力场—模拟—分析—出图”串成一条可落地的学习路径,尤其适合计算化学、生物物理、药学、膜蛋白、抗菌肽及药物-膜相互作用方向的研究生和科研人员。完成学习后,你将能独立构建全原子、HMMM或粗粒化膜体系,合理选择CHARMM/AMBER等力场,准备小分子和多肽参数,运行并续跑GROMACS模拟,使用VMD、PyMOL、LigPlot及RMSD、RMSF、氢键、相互作用能、MMPBSA等工具分析结果,为课题研究和论文发表打下扎实基础。

AI课程大纲

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