如果你希望从零理解生物分子模拟，并真正走进Amber分子动力学，这门课将为你搭建一条清晰路径。课程从分子动力学的基本定义、牛顿力学原理和四步计算流程讲起，带你认识Amber在蛋白、核酸、膜蛋白及蛋白-配体体系中的应用。随后，课程聚焦Amber体系构建核心LEaP，讲解tleap/xleap、拓扑与坐标文件、力场和水模型选择、二硫键处理、建盒加离子等关键操作；再进一步梳理显式溶剂MD的完整流程：能量最小化、NVT升温、预平衡与生产模拟，并深入解析NTC/NTF、cutoff、NTB、恒温器、退火和输出频率等参数。适合化学、生物、材料、药学等方向的计算模拟初学者，以及需要快速掌握Amber工作流的科研人员和学生。学完后，你不仅能理解MD为什么这样做，还能动手构建蛋白-水-离子体系，配置最小化与平衡模拟，为后续轨迹分析和自由能计算打下基础。