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主讲老师王老师·MD资深技术专家
更新时间2025-10-09 17:34:55
课件资料暂无
1999 
课程介绍
本课程介绍了分子动力学基础和gromacs的蛋白及其突变体的变构模拟，从突变设计到力场构建开始讲解构建模型的相关过程。重点讲解了生物体系中蛋白及其突变体的模型与力场构建，从中学习gromacs的基本命令、文件的格式、使用技巧和分析蛋白变构的方法。该课程可作为了解gromacs基本使用和深入研究氨基酸突变影响蛋白质在原子级别下结构域变化的进阶课程。
讲师介绍
王老师 MD技术专家
3年以上的教学经验，5年以上Gromacs软件经验主要研究基于结构/配体的药物设计方法以及药物分子-靶标蛋白的结合模式、蛋白质变构和酶突变改造设计等，具有较为丰富的药物分子与蛋白的分子对接、虚拟筛选、分子动力学等计算机辅助药物设计经验。截至目前，参与国家级项目1项，在国内外期刊上发表论文多篇。
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这门《分子动力学模拟从实践到精通》以“理论—建模—模拟—分析—作图”为主线，带你从零掌握分子动力学核心技能。课程先讲清力场、势能函数、系综与周期性边界等基础，再以人血红蛋白镰刀型突变体为案例，实操GROMACS完成PDB处理、点突变、加氢、溶剂化、加离子、能量最小化、NVT/NPT平衡与成品模拟。随后学习轨迹处理、VMD/PyMOL可视化渲染，并用RMSD、RMSF、Rg、SASA和自由能景观图比较野生型与突变体，最后用Origin规范作图。适合生物、医药、化学、材料等方向的研究生和科研人员，尤其适合想独立开展蛋白模拟、突变分析和药物设计相关工作的学习者。学完后，你将能独立搭建蛋白模拟体系、运行并排查常见报错、解读轨迹指标，并从结构稳定性与柔性角度解释突变影响，形成完整的分子动力学研究思路。
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