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主讲老师苑老师 · MD资深技术专家
更新时间2025-10-09 17:34:07
课件资料暂无
1999 
课程介绍
本课程基于GROMACS软件和GAFF力场，专注于聚合物体系的自组装模拟。课程从基础动力学原理开始，逐步深入认识力场，以及建模过程，最后基于自组装体系的轨迹完成对体系宏观物理量进行提取。重点介绍了使用便捷工具的建模方法、通用软件的模拟流程和专业体系的分析经验。通过该课程可以掌握构建聚合物的通用方法和聚合物分析的重点理论。
讲师介绍
天玑智研全职分子动力学资深专家，拥有5年以上gromacs等动力学软件深度使用经验，拥有3年以上的教学经验。主要研究药物靶点-配体的相互作用以及计算机辅助药物设计、筛选和生物活性评价，聚合物体系组装，弱相互作用分析等。截至2024年6月，在JMCA、CALPHAD、International Journal of Hydrogen Energy、Physical Chemistry Chemical Physics等期刊上发表论文20篇。近年来参与国家级项目2项，省部级项目2项。
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天玑智研·学术共享平台是面向高校、科研院所及企业科研工作者的专业性网络交流平台，提供催化、电池、能源、生物、生化、医药、环境等相关领域的视频课程、专业知识、最新科研进展以及技术服务。
如果你想从零掌握分子动力学模拟，并真正跑通一个小分子/聚合物自组装体系，这门课将带你完成从理论、建模、拓扑、模拟到分析和论文级出图的完整闭环。课程以GROMACS为核心，串起MD基础、系综与积分算法、GAFF小分子建模、聚合物片段化拓扑、pdb2gmx与力场兼容、离子/金属参数补充、体系构建、EM/NPT/MD运行，以及MSD、RMSF、回转半径、SASA、氢键、RDF、相互作用能和VMD/PyMOL可视化。适合化学、材料、药学、生物物理等方向，希望用模拟解释自组装、界面与聚合物-小分子相互作用的本科生、研究生和科研人员。学完后，你能独立完成建模、拓扑生成、参数补全、模拟运行、报错排查、轨迹分析与机制解释，不再只会机械操作软件，而是理解每一步的物理意义，具备开展自组装专题模拟与研究复现的能力。
天玑智研
苑老师 · MD资深技术专家
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