这门课带你系统走通 GROMACS 分子动力学模拟的“上下游全流程”：从 PDB、UniProt、NCBI 与 AlphaFold3 获取和预处理蛋白结构，到用 insert、Packmol 构建多组分体系，再到 trjconv 处理周期性、VMD 检查轨迹，并完成二级结构、RMSD、RG、距离等核心分析。课程特别强调自组装、抗菌肽-膜等体系的 PBC 陷阱与出图技巧，手把手对比 do_dssp/dssp、XPM/DAT/XVG 输出，教你制作二级结构含量曲线和残基时序图。适合刚接触 MD 的本科生、研究生和科研人员，也适合需要补足 GROMACS 后处理与可视化技能的用户。学完你将能独立完成结构准备、轨迹清理、数据计算与发表级图表输出，让模拟结果真正“看得懂、讲得清、用得上”。