这门课带你用 R 跑通 MDS/NMDS 降维分析与论文级作图全流程。从 OTU 表和分组表的规范准备开始，逐步完成数据读取、MDS1/MDS2 提取、按 site 合并分组信息、adonis/adonis2 多元置换检验，以及 R²、P 值解读。课程不止讲统计，更重视出图：按分组着色绘制散点图，结合箱线图/柱状图和图例，用 patchwork 完成拼图排版，并细致调整点大小、颜色顺序、字体、箱体宽度、抖动点与 layout 比例。最终可导出单图 PDF 和组合图 PDF。课程配有代码、示例数据、中间结果和最终图，适合微生物组、生态学、环境科学等方向，需要做样本间差异分析、发表级降维图的研究生和科研人员；也适合已接触 R、希望把分析流程模板化的人。学完后，你能独立替换自己的数据，正确合并样本信息，解释置换检验结果，保证散点图与箱线图颜色顺序一致，并输出可用于论文或报告的 MDS/NMDS 图与统计结果。