这门课程聚焦微生物组研究中的 LEfSe / LDA Effect Size 分析，带你从 OTU 丰度表、taxonomy 注释表和样本分组表出发，完成组间差异菌筛选、biomarker 识别及 R 语言可视化。课程核心价值在于把非参数检验、Wilcoxon 检验和 LDA 线性判别分析的统计逻辑讲清楚，并落到可复现的 R 代码与高质量图表上。你将学会构建 microtable 对象、设置 group 与 subgroup、进行 P 值校正、选择 LDA 阈值，解读 LDA score 柱状图、差异物种进化分支图和 Kruskal-Wallis 检验图，并调整颜色、分组顺序、字体、图例和显著性标记，最终导出 PDF 用于论文或报告。适合从事肠道、土壤、环境等微生物组研究，想快速掌握 LEfSe 分析和科研绘图的研究生、科研人员及数据分析初学者。学完后，你能独立完成从原始数据到 biomarker 筛选、结果解读和图件输出的全流程，让复杂菌群差异一目了然。