这门课带你从零走通蛋白-小分子计算模拟的关键流程。课程以3HTB等体系为例，先讲如何从PDB下载蛋白、用PyMOL去水去小分子，完成对接前预处理；再进入AutoDock/Vina实操，设置受体、配体、加氢、对接盒子和命令行运行，并根据结合能筛选最优构象、构建复合物。随后进阶到Amber力场下的GROMACS分子动力学模拟，涵盖蛋白与配体拓扑生成、Sobtop使用、复合物组装、溶剂化加离子、能量最小化、NVT/NPT平衡和生产模拟。最后补充ChemDraw/Chem3D将小分子从2D转为3D并能量最小化导出PDB。适合药学、生物、化学及计算模拟初学者，也适合需要完成对接、MD或分子堆积课题的本科生、研究生和科研人员。学完后，你能独立完成从结构准备、分子对接、复合物处理到动力学模拟和小分子建模的完整基础流程，并具备排查常见文件、参数与运行错误的能力。