本课程围绕分子模拟中最常用的两个分析指标——SASA 与 RMSD——展开，带你从概念、计算到结果解读快速入门。你将理解溶剂可及表面积如何用滚球算法描述分子与水的接触，并借此分析蛋白折叠、自组装、蛋白-配体/蛋白-蛋白结合界面及复合物稳定性；同时掌握 RMSD 的定义、结构叠合前提和 GROMACS 中 gmx rms 的关键参数，学会选择 backbone 原子组，读懂上升期、平台期及 0.1–0.3 nm 等典型范围。课程兼顾原理、操作与案例，适合生物物理、计算化学、分子动力学模拟初学者，以及需要分析蛋白稳定性、结合行为和模拟平衡的科研人员。学完后，你能用 SASA 和 RMSD 曲线判断体系是否稳定、是否达到平衡、结合是否破坏结构，并为论文图表和机制讨论提供可靠依据。